马来西亚中山会馆联合会成立于1954年，初名“马来亚中山会馆联合会”。1965年因新加坡退出马来西亚获得独立，沙巴山打根中山公会加入为会员，改名为“马来西亚及新加坡中山会馆联合会”。1973年12月，社团注册官正式来函称新加坡已成为一独立国，不能参与新马中山联合会，必须分开，故改名为“马来西亚中山会馆联合会”。该会与世界各地中山会馆有密切联系，1996年组织第一届世界中山同乡恳亲大会。