自2003年“SARS”后，特区政府与医管局全面检讨疫情，决定兴建传染病专科医疗中心[1]，为传染病病人提供一站式的临床治疗，选址玛嘉烈医院，于2004年4月14日拨款5亿3,800万元展开兴建工程，于2006年第4季度竣工[2]。2007年6月22日由中国卫生部部长高强及卫生福利及食物局局长周一岳主持揭幕仪式[3]。

传染病医疗中心位于玛嘉烈医院EF座大楼对开斜坡，楼高17层，楼面总面积达21,600平方米，其中8层是负气压隔离病房，提供108张隔离病床，其中14张为深切治疗病床。各病房以独立隔离病室组成，每个病室设一或两张病床，病房安装双重负压电动互锁门，并配以负压空调及高效能空气过滤系统。病房设独立更衣区（洁净与污染区），同时亦设有独立淋浴室与厕所，医疗中心的空气先经过高效能空气粒子过滤系统消毒才排放，而排污系统加设自动消毒系统，经消毒的污水才排放往公共污水渠。传染病中心设连接桥，贯通医院EF座、G座及P座大楼。

卫生防护中心设办公室于传染病中心内，中心设有生物安全第三等级临床实验室及放射诊断设施（包括XK光机及电脑素描间）。