流坑董氏大宗祠是祀奉其始祖宋赠户部尚书大司徒公董合的总祠堂，位于村北陌兰洲，是一座前带院落的三进式重檐建筑，坐北朝南略偏东，与左侧之桂林祠、右侧之文馆联为一体，形成一个宏大的建筑组群。创于元，明嘉靖甲申年(1536年)初建，万历丙戌年（1586年）重建，清嘉庆癸酉年(1813年)重修，惜于一九二七年被军阀孙传芳的残部邢玉堂所焚毁。大火过后，大宗祠废墟上残垣断壁，只剩下两尊红石狮子、六根石柱、九十六块旗杆石和前院的门楼与东、西侧牌坊。文馆和桂林公祠幸免于难。

对董氏大宗祠遗址进行考古发掘，是经过国家文物局批准的一项重要的文物保护工程。乐安县对此十分重视，事前请清华大学建筑学院建筑历史与文物建筑保护研究所编制了《流坑大宗祠遗址及文馆保护区整治规划与设计》，搬迁了原建设在遗址上的村小学，并邀请具有丰富工作经验的省文物考古研究所来承担这一任务。此次考古发掘是一次展示性的发掘工作，省里的专家、技术人员和当地文物工作者密切配合、相互支持，以流坑董氏明万历族谱中的“董氏大宗新祠堂图”和清代族谱中的“董氏大宗祠图”为线索，严格按照文物考古发掘的程序与要求，布方分区进行发掘。揭露面积近3000平方米，清理出遗址上保存的所有建筑遗物，出土了一定数量的陶片、瓷片、残砖和麻条石、柱础等建筑构件，基本上再现了当年董氏大宗祠焚毁与破坏后的面貌。前院地面遗物保存较好，东、西两侧牌坊的柱础、两牌坊之间的鹅卵石路面都比较完整，不但找到了清代的鹅卵石路面，而且还找到了明代的鹅卵石路面，三排旗杆石的残柱也历历在目；正面门楼的地面遗物不多，因新建学校的地基恰好是在此处，破坏较大，只残留下部分门楼墙基、柱基和两个狮子的底座基础；一进“育贤楼”留下四个柱基和部分墙基，天井较为完好，钟楼、鼓楼墙基比较完整，甚至有完整的倒塌的残墙；二进“敦睦堂”上残缺的一根石柱已经找到，三十二块半圆柱型的麻石静静地卧在东侧教室走廊的阶沿上，堂前天井及排水沟均保存完好；三进“孝敬堂”前的天井虽残破不堪，但其大部分构件还是可以见到的；东道房、西道房的房舍墙基以及东道房的门楼基础完好无损，有的门砧都保存下来了；大宗祠与文馆、大宗祠与桂林公祠之间的鹅卵石路面通道也比较完好。

大宗祠是董氏“千门万户，聚此一家”的标志，是流坑千年文明的象征。大宗祠遗址是流坑最富有历史感的文物古迹。发掘期间，许多村民前来参观，有的回忆当年在这里祭祀祖先的荣耀，有的痛斥军阀火烧大厦的罪恶，有的介绍地面遗物的情况，有的讲述文革期间建学校时如何保护好建筑遗物的事迹。许多参加发掘工作的村民对文物保护工作更有新的体会，他们表示一定要协助文物管理部门做好大宗祠遗址的保护与展示。