理藩院尚书相当于现在的外交部长。清于崇德元年（1636）设蒙古衙门；三年六月，改称理藩院，属礼部。顺治元年（1644），改置尚书，十八年，定官制同六部 ，理藩院尚书亦入议政之列 。理藩院初掌蒙古事，随着清廷全国政权的建立，更为总管蒙古、西藏、新疆等各少数民族地区事务的中央机构。清统治者通过理藩院实施对各少数民族地区的统治，加强与他们的联系。康熙年间，修定《理藩院则例》，用法规固定了对少数民族地区统治的各项措施。以后又四次校修。

理藩院六司分掌爵禄、朝贡、定界、官制、兵刑、户口、耕牧、赋税 、驿站、贸易、宗教等政令。理藩院所辖，先后尚有内馆、外馆、蒙古学、唐古特学、托忒学、俄罗斯学，木兰围场、喇嘛印务处，则例馆等机构。此外还派司员，笔帖式等常驻少数民族地方，处理特定事务，定期轮换。